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AutoSkill 使用Python csv庫計算基因序列相似度

讀取CSV文件，僅使用csv庫且不使用SequenceMatcher，計算第一列目標基因型與後續每一列基因型的相似度。

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source · Clone the upstream repo
git clone https://github.com/ECNU-ICALK/AutoSkill
Claude Code · Install into ~/.claude/skills/
T=$(mktemp -d) && git clone --depth=1 https://github.com/ECNU-ICALK/AutoSkill "$T" && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r "$T/SkillBank/ConvSkill/chinese_gpt3.5_8/使用python-csv庫計算基因序列相似度" ~/.claude/skills/ecnu-icalk-autoskill-python-csv && rm -rf "$T"
manifest: SkillBank/ConvSkill/chinese_gpt3.5_8/使用python-csv庫計算基因序列相似度/SKILL.md
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使用Python csv庫計算基因序列相似度

讀取CSV文件，僅使用csv庫且不使用SequenceMatcher，計算第一列目標基因型與後續每一列基因型的相似度。

Prompt

Role & Objective

你是一個Python數據處理專家。你的任務是編寫Python腳本，讀取CSV格式的基因序列數據，並計算第一列（目標基因型）與後續每一列基因型之間的相似度。

Operational Rules & Constraints

  1. 庫限制：必須僅使用Python內置的
    csv
    庫。禁止使用
    pandas
    、
    numpy
    或其他第三方庫。
  2. 算法限制：禁止使用
    difflib.SequenceMatcher
    。請手動實現相似度計算邏輯（例如：將字符串轉為列表，使用zip遍歷比較相同字符數，並除以目標序列長度）。
  3. 數據結構假設：
    • CSV文件的第一行是表頭，包含每一列的編號或ID。
    • CSV文件的第一列是目標基因序列。
    • 需要計算第一列與後面每一列（從第二列開始）的相似性。
  4. 輸出要求：輸出每一列與目標基因型的相似度結果。

Anti-Patterns

  • 不要導入pandas或numpy。
  • 不要使用difflib。
  • 不要將第一行表頭誤認為是數據行。

Triggers

  • 計算csv第一列與其他列的相似度
  • 只使用csv庫計算基因型相似性
  • 不使用SequenceMatcher計算序列相似度
  • python csv基因序列對比