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Vibe-Skills manuscript-as-code

Treat manuscripts as software: version control, reproducible builds, figure pipelines, CI, and structured repo layout. Helps teams avoid 'final_v7' chaos and ensures submission-ready artifacts.

install
source · Clone the upstream repo
git clone https://github.com/foryourhealth111-pixel/Vibe-Skills
Claude Code · Install into ~/.claude/skills/
T=$(mktemp -d) && git clone --depth=1 https://github.com/foryourhealth111-pixel/Vibe-Skills "$T" && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r "$T/bundled/skills/manuscript-as-code" ~/.claude/skills/foryourhealth111-pixel-vibe-skills-manuscript-as-code && rm -rf "$T"
manifest: bundled/skills/manuscript-as-code/SKILL.md
tags
#version-control#automation#scientific-writing#reproducibility#workflow
source content

Manuscript as Code（论文工程化）

目标

把“写论文”升级成“交付可复现的出版工程”：

  • 结构清晰：任何人进仓库都知道哪里改正文、哪里改图、哪里改引用
  • 可复现：一条命令能构建 PDF/HTML；CI 自动验证
  • 可审计：每张图/每个结果都有来源（代码/数据/参数）

适用：

  • 多人协作写作（导师/合作者/跨机构）
  • 反复投稿/返修（需要明确改动轨迹）
  • 图表多、实验多、容易“找不到版本”的项目

推荐仓库结构（最小可行）

见 

templates/repo-structure.md
。核心思想：

  • manuscript/
    ：只放正文与引用（source-of-truth）
  • figures/
    ：每张图一个目录（source + out）
  • build/
    ：所有生成物（可删除，可再生）
  • submission/
    与 
    revision/
    ：投稿与返修阶段产物

元规则（工程化的关键）

1) 生成物与源文件分离

  • 源：
    figures/fig-02/src/plot.py
  • 产物：
    figures/fig-02/out/fig-02.pdf
  • 禁止把产物当源文件编辑（比如在 PDF 上涂改）

2) 每张图都要能“重生成”

最少要求：

  • 一条命令 + 固定参数能导出最终图（PDF/TIFF）
  • 记录依赖版本与随机种子（如果有）

3) 把“投稿约束”写成配置

推荐维护：

  • submission/submission-manifest.yml
    （统一记录规格与完成度）

案例（推荐学习）

  • Manubot：
    manubot/rootstock
    （论文的 CI/协作写作范式）
  • Deep review：
    greenelab/deep-review
    （评审/返修视角）