Scholarly Publishing (论文投稿全流程)

你会得到什么（输出契约）

当用户说“我要投稿/返修/顶刊作图/相机就绪/需要 LaTeX 工程化/写 rebuttal/写 cover letter/做组会汇报”时，本 skill 负责把目标拆成可交付的出版资产包：

• manuscript/

  ：论文源文件（LaTeX / Word / Markdown 任一作为 source-of-truth）

• figures/

  ：每张图的源代码/源数据/最终导出（PDF/EPS/SVG/TIFF）

• supplement/

  ：补充材料（方法细节、附录、扩展实验、额外图表）

• submission/

  ：投稿所需文件（cover letter、graphical abstract、highlights、checklist、打包 zip）

• revision/

  ：返修资产（rebuttal、diff、逐条回应矩阵）

• build/

  ：可复现构建产物（PDF、打包 zip、CI 日志）

目标不是“写一段文字/画一张图”，而是产出能提交、能返修、能复用、能审计的一套文件与规范。

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何时使用（触发场景）

适用场景（中英混合均可）：

• 投稿/返修：

  投稿

  、

  submission

  、

  返修

  、

  revision

  、

  rebuttal

  、

  回复审稿意见

  、

  camera-ready

  、

  proof

• 顶刊作图：

  顶刊作图

  、

  投稿图

  、

  publication-quality

  、

  600dpi

  、

  tiff

  、

  多子图

  、

  panel

  、

  subplot

• LaTeX 工程化：

  latex template

  、

  latexmk

  、

  bibtex

  、

  biber

  、

  Overleaf

  、

  chktex

  、

  latexindent

• 研究报告/技术报告：

  科研报告

  、

  technical report

  、

  HTML + PDF

  、

  Quarto

• 组会/答辩/汇报：

  slides

  、

  Slidev

  、

  Marp

  、

  Reveal.js

  、

  Beamer

不适用（应交给其它技能）：

• 仅“从 PDF 提取文本/合并 PDF/批注回复”等纯文档处理 →

  docs-media/pdf/docx/docx-comment-reply

• 仅“画流程图/概念示意图（非数据图）” →

  scientific-schematics

  或

  markdown-mermaid-writing

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输入信息（最小问询）

为了稳定落地，至少需要：

1. 目标投向：期刊/会议/出版社（不知道也可以先用“类目”：Nature/IEEE/ACM/NeurIPS/PLOS）
2. 论文类型：研究论文/方法论文/综述/短文/技术报告
3. 交付物：只要“投稿包”？还是“报告 + 图 + slides”？（可多选）
4. 写作来源：是否已有草稿/数据/图？（已有就以“改稿/补齐规范”为主）

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工作流（可执行流程）

Phase 0 — 选择“单一事实源”（Single Source of Truth）

在以下三者中选一个做源文件（强烈建议只选一个）：

• LaTeX：适合期刊/会议、公式多、需要严格排版、可 CI 构建
• Word：适合部分医学生命科学期刊/协作者偏 Word 的团队
• Markdown/Quarto：适合技术报告/内部报告/可发布网页（可导出 PDF）

元规则：同一论文不要在多个格式里并行编辑。其它格式只能是“导出物”。

Phase 1 — 先建“投稿约束”再写正文

1. 目标投向与模板：用

   venue-templates

   获取模板/版式约束
2. 投稿清单：用

   submission-checklist

   拉一份对应 stage 的 checklist
3. 明确图的规格：列出每张图的用途、类型（line art / raster / combination）与导出格式（PDF/TIFF）

Phase 2 — 论文主线（写作）

用

scientific-writing

执行两段式写作：

• 先写“结构大纲（允许 bullet）”
• 再写“最终正文（必须段落，禁止 bullet）”

元规则（顶级期刊通用）：

• 先图后文：Results 的主线由 Figures 驱动
• 句子不超载：每句一个主张；每段一个中心句；每节一个问题
• 让审稿人省力：方法可复现、统计可追溯、图注自解释

Phase 3 — 图表管线（顶刊作图）

用

scientific-visualization

作为默认图表技能，必要时补

scientific-schematics

（流程/机制示意）：

• 对 data figure：统一字体、字号、线宽、配色、子图间距、panel label（A/B/C）
• 导出：优先

  PDF/EPS/SVG

  （矢量），必要时

  TIFF 600dpi

  （栅格）
• 可访问性：色盲友好（Okabe-Ito / colorcet / cmcrameri）

Phase 4 — LaTeX/构建/打包

如果 source-of-truth 是 LaTeX：

• 用

  latex-submission-pipeline

  完成：本地编译 → lint/format → CI 编译 → submission zip

如果 source-of-truth 是 Word：

• 仍然遵循“图表输出标准 + 引用一致性 + 文件命名规范”，并准备投稿系统所需附件

Phase 5 — 投稿与返修

• 投稿前：

  submission-checklist/templates/pre-submission-checklist.md

• 返修：用

  submission-checklist/templates/rebuttal-response-matrix.md

  逐条回应
• 相机就绪：

  submission-checklist/templates/camera-ready-checklist.md

Phase 6 — 汇报与传播（可选）

用

slides-as-code

或

scientific-slides

把论文变成可讲的故事：

• 1 张图 = 1 个结论点
• Slides 的图直接复用

  figures/

  的最终导出，不要二次截图

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规范（Meta Rules → Skills）

A. 资产命名规范

• 图文件：

  fig-01-overview.pdf

  、

  fig-02-results.tiff

• 子图：

  fig-02A-...

  、

  fig-02B-...

• 统一用

  kebab-case

  ；避免空格与中文；避免“final_v7_reallyfinal”

B. 可复现性最小集（Reproducibility Minimum）

至少提供：

• 构建命令（

  make pdf

  /

  latexmk

  /

  quarto render

  ）
• 环境说明（Python 版本、依赖，或 lockfile）
• 图表源（代码/参数）与导出脚本（自动化优先）

C. 质量门禁（提交前自检）

• 字体一致、字号可读、线宽统一
• 统计图包含不确定性（CI/SEM/SD）并在 caption 解释
• 图注自包含：看 caption 能理解图表达什么、样本量、统计检验
• 引用准确：每个关键主张可追溯到数据或引用

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案例库（GitHub 高信号仓库）

见：

references/case-library.md

（按“写作清单/论文工程化/顶刊作图/LaTeX pipeline/Slides-as-code”分类）

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快速调用示例（给 VCO 路由用）

• “我要投稿 Nature 风格论文：请给出投稿资产包目录结构 + checklist + 图表导出标准”
• “顶刊作图：matplotlib 多子图 + 色盲友好 + 导出 PDF + TIFF 600dpi（每张图的规范写清楚）”
• “我要回复审稿意见：请生成 rebuttal 矩阵，并给出逐条回应的写作规范”
• “请把当前 LaTeX 项目接入 GitHub Actions 自动编译并生成 submission zip”