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claude-code

Agent-almanac create-r-dockerfile

install
source · Clone the upstream repo
git clone https://github.com/pjt222/agent-almanac
Claude Code · Install into ~/.claude/skills/
T=$(mktemp -d) && git clone --depth=1 https://github.com/pjt222/agent-almanac "$T" && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r "$T/i18n/ja/skills/create-r-dockerfile" ~/.claude/skills/pjt222-agent-almanac-create-r-dockerfile-6d5f53 && rm -rf "$T"
manifest: i18n/ja/skills/create-r-dockerfile/SKILL.md
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R Dockerfileの作成

rockerベースイメージを使用し、適切な依存関係管理を行うRプロジェクト用Dockerfileを構築する。

使用タイミング

  • Rアプリケーションや分析のコンテナ化
  • 再現可能なR環境の構築
  • Rベースサービス（Shiny、Plumber、MCPサーバー）のデプロイ
  • 一貫した開発環境のセットアップ

入力

  • 必須: 依存関係を持つRプロジェクト（DESCRIPTIONまたはrenv.lock）
  • 必須: 用途（開発、本番、またはサービス）
  • 任意: Rバージョン（デフォルト: 最新安定版）
  • 任意: 必要な追加システムライブラリ

手順

ステップ1: ベースイメージの選択

ユースケースベースイメージサイズ
最小限のRランタイム
rocker/r-ver:4.5.0
約800MB
tidyverse付き
rocker/tidyverse:4.5.0
約1.8GB
RStudio Server付き
rocker/rstudio:4.5.0
約1.9GB
Shinyサーバー
rocker/shiny-verse:4.5.0
約2GB

期待結果： プロジェクトの要件に合致し、不要な肥大化のないベースイメージが選択される。

失敗時： どのイメージを使用するか不明な場合は、

rocker/r-ver
（最小限）から始めて必要に応じてパッケージを追加する。完全なイメージカタログはrocker-orgを参照。

ステップ2: Dockerfileの作成

FROM rocker/r-ver:4.5.0

# システム依存関係のインストール
# 目的別にグループ化して明確にする
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    # HTTP/SSL
    libcurl4-openssl-dev \
    libssl-dev \
    # XML処理
    libxml2-dev \
    # Git統合
    libgit2-dev \
    libssh2-1-dev \
    # グラフィックス
    libfontconfig1-dev \
    libharfbuzz-dev \
    libfribidi-dev \
    libfreetype6-dev \
    libpng-dev \
    libtiff5-dev \
    libjpeg-dev \
    # ユーティリティ
    git \
    curl \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# Rパッケージのインストール
# 順序: キャッシュ効率のため変更頻度の低いものから
RUN R -e "install.packages(c( \
    'remotes', \
    'devtools', \
    'renv' \
    ), repos='https://cloud.r-project.org/')"

# 作業ディレクトリの設定
WORKDIR /workspace

# renvファイルを先にコピー（キャッシュレイヤー）
COPY renv.lock renv.lock
COPY renv/activate.R renv/activate.R

# ロックファイルからパッケージを復元
RUN R -e "renv::restore()"

# プロジェクトファイルをコピー
COPY . .

# デフォルトコマンド
CMD ["R"]

期待結果： 

docker build -t myproject .
でDockerfileが正常にビルドされる。

失敗時： 

apt-get install
中にビルドが失敗した場合、対象ディストロ（Debian）のパッケージ名を確認する。
renv::restore()
が失敗した場合、
renv.lock
と
renv/activate.R
がrestoreステップの前にコピーされていることを確認する。

ステップ3: .dockerignoreの作成

.git
.Rproj.user
.Rhistory
.RData
renv/library
renv/cache
renv/staging
docs/
*.tar.gz

期待結果： 

.dockerignore
がGit履歴、IDEファイル、ローカルrenvライブラリ、ビルド成果物をDockerコンテキストから除外する。

失敗時： Dockerビルドが不要なファイルをコピーし続ける場合、

.dockerignore
がDockerfileと同じディレクトリにあり、正しいグロブパターンを使用していることを確認する。

ステップ4: ビルドとテスト

docker build -t r-project:latest .
docker run --rm -it r-project:latest R -e "sessionInfo()"

期待結果： コンテナが正しいRバージョンですべてのパッケージが利用可能な状態で起動する。

sessionInfo()
の出力で期待されるRバージョンが確認できる。

失敗時： ビルドログでシステム依存関係のエラーを確認する。不足している

-dev
パッケージを
apt-get install
レイヤーに追加する。

ステップ5: 本番環境向け最適化

本番デプロイにはマルチステージビルドを使用する：

# ビルドステージ
FROM rocker/r-ver:4.5.0 AS builder
RUN apt-get update && apt-get install -y libcurl4-openssl-dev libssl-dev
COPY renv.lock .
RUN R -e "install.packages('renv'); renv::restore()"

# ランタイムステージ
FROM rocker/r-ver:4.5.0
COPY --from=builder /usr/local/lib/R/site-library /usr/local/lib/R/site-library
COPY . /app
WORKDIR /app
CMD ["Rscript", "main.R"]

期待結果： マルチステージビルドにより最終イメージが小さくなる。ランタイムステージにはコンパイル済みRパッケージのみが含まれ、ビルドツールは含まれない。

失敗時： ランタイムステージでパッケージの読み込みに失敗する場合、

COPY --from=builder
のライブラリパスがRのインストール先と一致していることを確認する。両方のステージで
R -e ".libPaths()"
で確認する。

バリデーション

  • docker build
    がエラーなく完了する
  • コンテナが起動しRセッションが動作する
  • すべての必要なパッケージが利用可能
  • .dockerignore
    が不要なファイルを除外している
  • イメージサイズがユースケースに対して適切
  • コード変更のみの場合のリビルドが高速（レイヤーキャッシュが機能）

よくある落とし穴

  • システム依存関係の不足: コンパイルコードを含むRパッケージには
    -dev
    ライブラリが必要。
    install.packages()
    中のエラーメッセージを確認する
  • レイヤーキャッシュの無効化: パッケージインストール前にすべてのファイルをコピーすると、コード変更のたびにキャッシュが無効化される。先にロックファイルをコピーする
  • 大きなイメージ: 
    apt-get install
    の後に
    rm -rf /var/lib/apt/lists/*
    を使用する。マルチステージビルドを検討する
  • タイムゾーンの問題: タイムゾーン対応の操作には
    ENV TZ=UTC
    を追加するか
    tzdata
    をインストールする
  • rootでの実行: 本番環境には非rootユーザーを追加する: 
    RUN useradd -m appuser && USER appuser

例

# ソースをマウントした開発コンテナ
docker run --rm -it -v $(pwd):/workspace r-project:latest R

# Plumber APIサービス
docker run -d -p 8000:8000 r-api:latest

# Shinyアプリ
docker run -d -p 3838:3838 r-shiny:latest

関連スキル

  • setup-docker-compose
    - 複数コンテナのオーケストレーション
  • containerize-mcp-server
    - MCP Rサーバーの特殊ケース
  • optimize-docker-build-cache
    - 高度なキャッシュ戦略
  • manage-renv-dependencies
    - renv.lockがDockerビルドに入力される