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Agent-almanac create-r-dockerfile

install
source · Clone the upstream repo
git clone https://github.com/pjt222/agent-almanac
Claude Code · Install into ~/.claude/skills/
T=$(mktemp -d) && git clone --depth=1 https://github.com/pjt222/agent-almanac "$T" && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r "$T/i18n/es/skills/create-r-dockerfile" ~/.claude/skills/pjt222-agent-almanac-create-r-dockerfile-fa5247 && rm -rf "$T"
manifest: i18n/es/skills/create-r-dockerfile/SKILL.md
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Crear R Dockerfile

Crear un Dockerfile para aplicaciones R con imágenes base rocker y gestión de dependencias reproducible.

Cuándo Usar

  • Contenerizando un paquete R para despliegue reproducible
  • Desplegando una aplicación Shiny en Docker
  • Creando pipelines de análisis reproducibles
  • Compartiendo entornos R con miembros del equipo
  • Integrando código R en pipelines CI/CD

Entradas

  • Requerido: Código fuente R (paquete, script o aplicación Shiny)
  • Requerido: Lista de dependencias R (DESCRIPTION o renv.lock)
  • Opcional: Requisitos de paquetes del sistema (libcurl, libxml2, etc.)
  • Opcional: Archivos de configuración (.Renviron, .Rprofile)
  • Opcional: Restricciones de imagen base (versión de rocker, variante)

Procedimiento

Paso 1: Seleccionar Imagen Base Rocker

Elegir la imagen rocker apropiada según las necesidades del proyecto.

# Para scripts R y paquetes
FROM rocker/r-ver:4.4.0

# Para aplicaciones Shiny
FROM rocker/shiny-verse:4.4.0

# Para desarrollo con RStudio
FROM rocker/rstudio:4.4.0

# Para ciencia de datos con tidyverse
FROM rocker/tidyverse:4.4.0

Criterios de selección de imagen:

  • rocker/r-ver
    — R base mínimo (más pequeña, para producción)
  • rocker/tidyverse
    — Incluye tidyverse y dependencias del sistema
  • rocker/shiny
    — Incluye Shiny Server
  • rocker/shiny-verse
    — Shiny + tidyverse
  • rocker/rstudio
    — Incluye RStudio Server

Esperado: Imagen base seleccionada coincide con los requisitos del proyecto, la versión de R anclada para reproducibilidad.

En caso de fallo: Verificar versiones disponibles en Docker Hub (

docker search rocker
), asegurar que la versión de R coincide con el desarrollo local, considerar restricciones de tamaño de imagen.

Paso 2: Instalar Dependencias del Sistema

Agregar bibliotecas del sistema requeridas por los paquetes R.

RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
    libcurl4-openssl-dev \
    libssl-dev \
    libxml2-dev \
    libgit2-dev \
    libfontconfig1-dev \
    libharfbuzz-dev \
    libfribidi-dev \
    libfreetype6-dev \
    libpng-dev \
    libtiff5-dev \
    libjpeg-dev \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

Esperado: Todas las dependencias del sistema instaladas, la capa limpia no tiene archivos de caché.

En caso de fallo: Identificar bibliotecas faltantes desde errores de instalación de paquetes R (

install.packages()
mostrará qué falta), buscar el nombre del paquete Debian para la biblioteca requerida.

Paso 3: Configurar Gestión de Dependencias con renv

Usar renv para la instalación reproducible de paquetes.

# Instalar renv
RUN R -e "install.packages('renv', repos='https://cloud.r-project.org')"

# Copiar archivos de bloqueo primero (caché de capas Docker)
WORKDIR /app
COPY renv.lock renv.lock
COPY .Rprofile .Rprofile
COPY renv/activate.R renv/activate.R
COPY renv/settings.json renv/settings.json

# Restaurar paquetes desde lockfile
RUN R -e "renv::restore()"

# Copiar código de la aplicación (después de paquetes para mejor caché)
COPY . .

Sin renv (alternativa):

RUN R -e "install.packages(c('shiny', 'dplyr', 'ggplot2'), repos='https://cloud.r-project.org')"

Esperado: Paquetes R instalados de forma reproducible desde renv.lock, caché de capas Docker funciona en compilaciones subsecuentes.

En caso de fallo: Ejecutar 

renv::snapshot()
localmente antes de compilar, verificar que renv.lock está actualizado, asegurar que la versión de R en Docker coincide con la versión de renv.lock.

Paso 4: Configurar Punto de Entrada

Definir cómo se ejecuta la aplicación.

Para una aplicación Shiny:

EXPOSE 3838
CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/app', host='0.0.0.0', port=3838)"]

Para un script R:

CMD ["Rscript", "main.R"]

Para un paquete R (ejecución de tests):

CMD ["R", "CMD", "check", "--no-manual", "."]

Esperado: El contenedor se inicia y ejecuta la aplicación R correctamente, los puertos expuestos coinciden con la configuración de la aplicación.

En caso de fallo: Verificar que la aplicación se ejecuta localmente primero, comprobar los logs del contenedor (

docker logs <container>
), asegurar que los paths de los archivos dentro del contenedor son correctos.

Paso 5: Compilar y Probar

Compilar la imagen Docker y verificar que funciona.

# Compilar imagen
docker build -t mi-app-r:latest .

# Ejecutar contenedor
docker run -p 3838:3838 mi-app-r:latest

# Ejecutar con variables de entorno
docker run -e MI_VARIABLE=valor -p 3838:3838 mi-app-r:latest

# Ejecutar interactivamente para depuración
docker run -it mi-app-r:latest R

Esperado: La imagen se compila exitosamente, el contenedor se ejecuta sin errores, la aplicación es accesible en el puerto configurado.

En caso de fallo: Revisar la salida de compilación para errores de instalación de paquetes, verificar la disponibilidad de puertos, comprobar la asignación de memoria del contenedor (R puede necesitar más RAM).

Validación

  • La imagen Docker se compila sin errores
  • El contenedor se inicia y ejecuta la aplicación correctamente
  • Las dependencias R coinciden con el entorno de desarrollo local
  • La caché de capas Docker funciona (recompilaciones rápidas cuando solo cambia el código)
  • El tamaño de la imagen es razonable (considerar compilación multi-etapa para producción)
  • Las variables de entorno se manejan correctamente

Errores Comunes

  • Imagen demasiado grande: Usar compilación multi-etapa o imagen base más pequeña. Limpiar cachés de apt en la misma capa RUN.
  • renv.lock desactualizado: Siempre ejecutar 
    renv::snapshot()
    localmente antes de compilar la imagen Docker.
  • Fallo de instalación de paquetes: Generalmente causado por dependencias del sistema faltantes. Revisar mensajes de error para identificar la biblioteca requerida.
  • Caché de capas no funciona: Copiar archivos de dependencias antes del código fuente. COPY de renv.lock antes de COPY del código de la aplicación.
  • Inconsistencia de versión de R: Anclar la versión de R en la imagen base para coincidir con el entorno de desarrollo.

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