Agent-almanac generate-statistical-tables

install
source · Clone the upstream repo
git clone https://github.com/pjt222/agent-almanac
Claude Code · Install into ~/.claude/skills/
T=$(mktemp -d) && git clone --depth=1 https://github.com/pjt222/agent-almanac "$T" && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r "$T/i18n/zh-CN/skills/generate-statistical-tables" ~/.claude/skills/pjt222-agent-almanac-generate-statistical-tables-84340a && rm -rf "$T"
manifest: i18n/zh-CN/skills/generate-statistical-tables/SKILL.md
source content

生成统计表格

为报告和手稿创建出版级统计表格。

适用场景

  • 创建描述性统计表格
  • 格式化回归或方差分析输出
  • 构建相关矩阵
  • 为学术论文制作 APA 样式表格
  • 为 Quarto/R Markdown 文档生成表格

输入

  • 必需:统计分析结果(模型对象、汇总数据)
  • 必需:输出格式(HTML、PDF、Word)
  • 可选:样式指南(APA、期刊特定)
  • 可选:表格编号方案

步骤

第 1 步:选择表格包

最适合格式
gt
HTML、通用HTML、PDF、Word
kableExtra
LaTeX/PDF 文档PDF、HTML
flextable
Word 文档Word、PDF、HTML
gtsummary
临床/统计摘要通过 gt/flextable 支持所有格式

预期结果: 根据输出格式和用例选定表格包。所选包已安装并可加载。

失败处理: 如果所需包未安装,运行

install.packages("gt")
(或相应的包)。对于
gtsummary
gt
gtsummary
都必须安装。

第 2 步:描述性统计表格

library(gt)

descriptives <- data |>
  group_by(group) |>
  summarise(
    n = n(),
    M = mean(score, na.rm = TRUE),
    SD = sd(score, na.rm = TRUE),
    Min = min(score, na.rm = TRUE),
    Max = max(score, na.rm = TRUE)
  )

gt(descriptives) |>
  tab_header(
    title = "Table 1",
    subtitle = "Descriptive Statistics by Group"
  ) |>
  fmt_number(columns = c(M, SD), decimals = 2) |>
  fmt_number(columns = c(Min, Max), decimals = 1) |>
  cols_label(
    group = "Group",
    n = md("*n*"),
    M = md("*M*"),
    SD = md("*SD*")
  )

预期结果: 一个

gt
表格对象,包含按类别分组的格式化均值、标准差和计数。列标题使用正确的统计符号(斜体 MSDn)。

失败处理: 如果

group_by()
产生意外结果,检查分组变量是否存在并具有预期的水平。如果
fmt_number()
抛出错误,确保目标列包含数值数据。

第 3 步:回归结果表格

model <- lm(outcome ~ predictor1 + predictor2 + predictor3, data = data)

library(gtsummary)

tbl_regression(model) |>
  bold_p() |>
  add_glance_source_note(
    include = c(r.squared, adj.r.squared, nobs)
  ) |>
  modify_header(label = "**Predictor**") |>
  modify_caption("Table 2: Regression Results")

预期结果: 一个

gtsummary
回归表格,p 值加粗,模型拟合统计量(R 方、N)在脚注中,并有描述性标题。

失败处理: 如果

tbl_regression()
失败,检查输入是否为模型对象(如
lm
glm
)。如果
add_glance_source_note()
报错,检查
broom
能否整理该模型:
broom::glance(model)

第 4 步:相关矩阵

library(gt)

cor_matrix <- cor(data[, c("var1", "var2", "var3", "var4")],
                  use = "pairwise.complete.obs")

# Format lower triangle
cor_matrix[upper.tri(cor_matrix)] <- NA

as.data.frame(cor_matrix) |>
  tibble::rownames_to_column("Variable") |>
  gt() |>
  fmt_number(decimals = 2) |>
  sub_missing(missing_text = "") |>
  tab_header(title = "Table 3", subtitle = "Correlation Matrix")

预期结果: 下三角相关矩阵渲染为

gt
表格,上三角留空,保留两位小数,并有清晰的标题。

失败处理: 如果

sub_missing()
未能留空上三角,检查
NA
值是否已通过
cor_matrix[upper.tri(cor_matrix)] <- NA
正确设置。如果变量非数值型,
cor()
将失败;先筛选数值列。

第 5 步:方差分析表

aov_result <- aov(score ~ group * condition, data = data)

library(gtsummary)

tbl_anova <- broom::tidy(aov_result) |>
  gt() |>
  fmt_number(columns = c(sumsq, meansq, statistic), decimals = 2) |>
  fmt_number(columns = p.value, decimals = 3) |>
  cols_label(
    term = "Source",
    df = md("*df*"),
    sumsq = md("*SS*"),
    meansq = md("*MS*"),
    statistic = md("*F*"),
    p.value = md("*p*")
  ) |>
  tab_header(title = "Table 4", subtitle = "ANOVA Results")

预期结果: 格式化的方差分析表,包含来源、dfSSMSFp 列。交互项标注清晰,p 值格式化为三位小数。

失败处理: 如果

broom::tidy(aov_result)
产生意外列,检查模型是否为
aov
对象。若需要 III 类平方和,使用
car::Anova(model, type = 3)
而非基础的
aov()

第 6 步:保存表格

# Save as HTML
gtsave(my_table, "table1.html")

# Save as Word
gtsave(my_table, "table1.docx")

# Save as PNG image
gtsave(my_table, "table1.png")

# For LaTeX/PDF (kableExtra)
kableExtra::save_kable(kable_table, "table1.pdf")

预期结果: 表格保存为指定文件格式(HTML、Word、PNG 或 PDF)。输出文件在相应应用程序中正确打开。

失败处理: 如果

gtsave()
对 Word 格式失败,确保
webshot2
包已安装。对于通过
kableExtra
的 PDF 输出,确保已安装 LaTeX 发行版(TinyTeX 或 MiKTeX)。

第 7 步:嵌入 Quarto 文档

```{r}
#| label: tbl-descriptives
#| tbl-cap: "Descriptive Statistics by Group"

gt(descriptives) |>
  fmt_number(columns = c(M, SD), decimals = 2)
```

See @tbl-descriptives for summary statistics.

预期结果: 表格在 Quarto 文档中内联渲染,具有可交叉引用的标签(

@tbl-*
)和正确的标题。表格自动适应文档的输出格式。

失败处理: 如果表格未渲染,检查代码块标签是否以

tbl-
开头(Quarto 交叉引用要求)。如果在 PDF 中格式丢失,从
gt
切换到
kableExtra
以适应基于 LaTeX 的输出。

验证清单

  • 表格在目标格式(HTML、PDF、Word)中正确渲染
  • 数字格式一致(小数位数、对齐)
  • 统计符号遵循样式指南(斜体、正确符号)
  • 表格有清晰的标题和编号
  • 列标题有意义
  • 注释/脚注解释缩写或显著性标记

常见问题

  • gt 在 PDF 中的限制:gt 对 PDF 支持有限。对于 LaTeX 密集的文档使用 kableExtra。
  • 舍入不一致:始终使用
    fmt_number()
    (gt)或
    format()
    而非
    round()
    来显示数据
  • 缺失值显示:在 gt 中使用
    sub_missing()
    options(knitr.kable.NA = "")
    配置
  • PDF 中的宽表格:超过页面宽度的表格需要
    landscape()
    或缩小字体
  • APA 数字格式:以 1 为界的值不加前导零(p 值、相关系数):".03" 而非 "0.03"

相关技能

  • format-apa-report
    - APA 手稿中的表格
  • create-quarto-report
    - 在报告中嵌入表格
  • build-parameterized-report
    - 适应参数的表格