Agent-almanac interpret-nmr-spectrum
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T=$(mktemp -d) && git clone --depth=1 https://github.com/pjt222/agent-almanac "$T" && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r "$T/i18n/es/skills/interpret-nmr-spectrum" ~/.claude/skills/pjt222-agent-almanac-interpret-nmr-spectrum-738648 && rm -rf "$T"
i18n/es/skills/interpret-nmr-spectrum/SKILL.mdInterpretar Espectro de RMN
Determinar la estructura de moléculas orgánicas a partir de datos de RMN de 1H, 13C, DEPT y 2D mediante el análisis sistemático de desplazamientos químicos, multiplicidades, constantes de acoplamiento y correlaciones de largo alcance.
Cuándo Usar
- Asignar la estructura de un compuesto desconocido a partir de datos espectrales
- Verificar la identidad o pureza de un producto sintetizado
- Interpretar experimentos de correlación 2D (COSY, HSQC, HMBC, NOESY)
- Distinguir entre estructuras propuestas cuando los datos de RMN 1H son ambiguos
- Identificar contaminantes o subproductos en mezclas de reacción
Entradas
- Requerido: Espectro de RMN 1H con desplazamientos químicos, integrales y multiplicidades
- Requerido: Fórmula molecular o masa molecular del compuesto
- Opcional: Espectro de RMN 13C con datos DEPT
- Opcional: Datos de correlación 2D (COSY, HSQC, HMBC, NOESY/ROESY)
- Opcional: Disolvente de RMN utilizado (afecta los desplazamientos de referencia)
Procedimiento
Paso 1: Calcular el Grado de Insaturación
Antes de asignar señales individuales, determinar el número de dobles enlaces equivalentes (DBE) a partir de la fórmula molecular:
- Fórmula DBE: DBE = (2C + 2 + N - H - X) / 2, donde C = carbonos, H = hidrógenos, N = nitrógenos, X = halógenos.
- Interpretar el DBE: DBE = 0 implica compuesto completamente saturado; DBE = 1 implica un doble enlace o un anillo; DBE = 4 implica un anillo aromático (incluyendo 3 dobles enlaces del anillo).
- Orientar la búsqueda de estructura: Un DBE alto (> 4) sugiere múltiples anillos o grupos carbonilo y dirige la interpretación posterior.
Esperado: Un valor DBE entero o semientero que limita el número de posibles estructuras.
En caso de fallo: Si la fórmula molecular es desconocida, estimar el DBE a partir de los desplazamientos de RMN 13C (señales > 100 ppm indican insaturaciones) y confirmar con datos de espectrometría de masas.
Paso 2: Asignar Señales de RMN 1H
Asignar sistemáticamente cada señal 1H a un entorno químico:
- Verificar protones de referencia interna: El TMS (0 ppm) o el disolvente (CDCl3 a 7.26 ppm, DMSO-d6 a 2.50 ppm, D2O a 4.79 ppm) establece la referencia química.
- Clasificar por región de desplazamiento:
- 0–3 ppm: protones alquílicos (CH3, CH2, CH)
- 3–5 ppm: protones junto a heteroátomos (O, N), alílicos o vinílicos terminales
- 5–7 ppm: protones olefínicos
- 6.5–8.5 ppm: protones aromáticos
- 8–13 ppm: aldehídos, ácidos carboxílicos, algunos NH/OH
- Contar protones por integración: Normalizar las integrales al número de protones de cada señal.
- Asignar multiplicidades: Aplicar la regla n+1 para protones acoplados. Las señales de dobles o triples anchos sugieren acoplamiento con NH o protones diastereotópicos.
- Medir constantes de acoplamiento J: Las constantes J vecinales típicas son: trans-alqueno 12–18 Hz, cis-alqueno 6–12 Hz, aromáticos 6–9 Hz, geminales –10 a +3 Hz.
Esperado: Tabla de asignación 1H con desplazamiento, integral, multiplicidad y J para cada señal.
En caso de fallo: Si las señales están solapadas, usar experimentos 2D (COSY, TOCSY) para resolver el solapamiento. Si los protones intercambiables (OH, NH) son ambiguos, agitar con D2O o cambiar el disolvente a DMSO-d6.
Paso 3: Interpretar Datos de RMN 13C y DEPT
Identificar los tipos de carbono y sus entornos:
- Clasificar señales 13C por desplazamiento:
- 0–50 ppm: carbonos sp3 alquílicos
- 50–90 ppm: carbonos sp3 junto a heteroátomos, alquínicos
- 100–160 ppm: carbonos olefínicos, aromáticos o heteroaromáticos
- 155–230 ppm: carbonos carbonílicos (C=O de éster/ácido 160–180 ppm, aldehído/cetona 190–220 ppm)
- Aplicar multiplicidad DEPT:
- DEPT-135: CH y CH3 apuntan hacia arriba; CH2 apunta hacia abajo; C cuaternario ausente
- DEPT-90: solo señales CH visibles
- Contar carbonos cuaternarios: Restar señales DEPT del espectro 13C completo para identificar los C cuaternarios (incluyendo C aromáticos no protonados, C carbonílico).
Esperado: Lista completa de carbonos clasificados como C, CH, CH2 o CH3 con sus desplazamientos.
En caso de fallo: Si las señales 13C son menos que los carbonos esperados, algunos carbonos pueden ser equivalentes por simetría o estar solapados. Comparar con el número de protones para detectar simetrías.
Paso 4: Analizar Correlaciones 2D
Usar experimentos de correlación para conectar fragmentos de la estructura:
- COSY (correlación 1H–1H): Identifica protones acoplados vecinalemente. Cada punto de cruce conecta dos protones en átomos adyacentes.
- HSQC (correlación 1H–13C de un enlace): Empareja cada señal 1H con su carbono directamente unido. Usar para resolver solapamientos 1H usando la dimensión 13C.
- HMBC (correlación 1H–13C de dos a tres enlaces): Conecta protones con carbonos a 2–3 enlaces de distancia. Crucial para definir conectividad a través de heteroátomos y carbonos cuaternarios.
- NOESY/ROESY (correlación 1H–1H en espacio): Indica proximidad espacial (< 5 Å). Usar para asignación estereoquímica y conformacional.
## Tabla de Correlaciones 2D | Protón (δ 1H) | COSY con | HSQC (δ 13C) | HMBC con 13C | Asignación | |--------------|----------|--------------|--------------|------------| | [despl.] | [H adj.] | [C directo] | [C distante] | [grupo] |
Esperado: Tabla de conectividad que conecta todos los fragmentos moleculares en una estructura completa.
En caso de fallo: Si las correlaciones HMBC son ambiguas (puntos de cruce débiles o ausentes a través de 4 enlaces), orientarse principalmente en los datos COSY e HSQC y proponer estructuras parciales.
Paso 5: Proponer y Verificar la Estructura
Ensamblar los fragmentos en una estructura completa y verificarla:
- Combinar fragmentos: Usar las correlaciones COSY para construir cadenas de protones continuos; usar HMBC para conectar fragmentos a través de carbonos cuaternarios o heteroátomos.
- Verificar el ajuste del DBE: Confirmar que la estructura propuesta tiene el DBE calculado.
- Verificar los desplazamientos: Comprobar que todos los desplazamientos 1H y 13C son consistentes con los valores predichos por los programas de predicción de RMN (por ej., ChemDraw, ACD/CNMR) o con tablas de referencia publicadas.
- Considerar estructuras alternativas: Si el DBE permite isómeros, descartar sistemáticamente las alternativas usando el conjunto completo de datos 2D.
- Informe final: Documentar la estructura con todas las asignaciones de señal, la tabla de correlaciones y los valores calculados frente a los observados.
Esperado: Estructura molecular uívoca con todas las señales de RMN asignadas y consistentes con los datos espectrales.
En caso de fallo: Si persiste la ambigüedad estructural, adquirir datos adicionales (NOESY para estereoquímica, espectro en otro disolvente para señales ocultas) o recurrir a datos de espectrometría de masas de alta resolución para confirmar la fórmula molecular.
Validación
- El DBE calculado es consistente con las insaturaciones observadas en el espectro
- La suma de integrales 1H coincide con el número total de protones de la fórmula molecular
- Todos los carbonos 13C están asignados y clasificados por DEPT
- Las correlaciones HMBC clave explican la conectividad a través de cada fragmento
- Los desplazamientos químicos predichos para la estructura propuesta coinciden con los observados (± 0.5 ppm para 1H, ± 5 ppm para 13C)
- No existen señales sin asignar en ningún espectro
- La estereoquímica (si es relevante) está respaldada por datos NOESY o constantes de acoplamiento
Errores Comunes
- Ignorar el DBE: Empezar la asignación sin calcular el grado de insaturación conduce a propuestas de estructura que no son consistentes con la fórmula molecular.
- Confundir multiplicidades: Un quintuplete puede confundirse con un multiplete. Medir siempre las constantes de acoplamiento J para confirmar la multiplicidad.
- Pasar por alto protones intercambiables: Los protones OH, NH y COOH pueden desaparecer, desplazarse o ensancharse según el disolvente y la temperatura.
- Sobraintrepretar correlaciones HMBC débiles: Los acoplamientos a 4 enlaces y los artefactos a larga distancia pueden aparecer como puntos de cruce HMBC. Usar solo correlaciones intensas para la asignación primaria.
- Olvidar los efectos del disolvente: Los desplazamientos de referencia varían según el disolvente. DMSO-d6 desplaza los protones aromáticos y carbonilos de manera diferente a CDCl3.
- Confundir DEPT-135 con DEPT-90: Un CH2 aparece negativo en DEPT-135 pero ausente en DEPT-90; un CH3 aparece positivo en ambos.
Habilidades Relacionadas
— identificar grupos funcionales que restringen las posibles estructuras antes de la asignación de RMNinterpret-ir-spectrum
— confirmar la fórmula molecular y detectar fragmentos claveinterpret-mass-spectrum
— seleccionar la combinación óptima de experimentos espectroscópicos para la elucidación estructuralplan-spectroscopic-analysis