Docker Composeのセットアップ

R開発およびデプロイ環境用のDocker Composeを設定する。

使用タイミング

• R以外のサービス（データベース、API）と並行してRを実行する場合
• 再現可能な開発環境のセットアップ
• RベースMCPサーバーコンテナのオーケストレーション
• 環境変数とボリュームマウントの管理

入力

• 必須: Rサービス用Dockerfile
• 必須: マウントするプロジェクトディレクトリ
• 任意: 追加サービス（データベース、キャッシュ、Webサーバー）
• 任意: 環境変数の設定

手順

ステップ1: docker-compose.ymlの作成

version: '3.8'

services:
  r-dev:
    build:
      context: .
      dockerfile: Dockerfile
    container_name: r-dev
    image: r-dev:latest

    volumes:
      - .:/workspace
      - renv-cache:/workspace/renv/cache

    stdin_open: true
    tty: true

    environment:
      - TERM=xterm-256color
      - R_LIBS_USER=/workspace/renv/library
      - RENV_PATHS_CACHE=/workspace/renv/cache

    command: R

    restart: unless-stopped

volumes:
  renv-cache:
    driver: local

期待結果： Rサービスが定義された

docker-compose.yml

ファイルが存在し、プロジェクトディレクトリとrenvキャッシュのボリュームマウント、Rライブラリパスの環境変数が含まれている。

失敗時： YAML構文が無効な場合、

docker compose config

で検証する。インデントにスペース（タブではなく）を使用し、特殊文字を含むすべての文字列値をクォートする。

ステップ2: 追加サービスの追加（必要な場合）

services:
  r-dev:
    # ... 上記と同様
    depends_on:
      - postgres
    environment:
      - DB_HOST=postgres
      - DB_PORT=5432

  postgres:
    image: postgres:16
    container_name: r-postgres
    environment:
      POSTGRES_DB: analysis
      POSTGRES_USER: ruser
      POSTGRES_PASSWORD_FILE: /run/secrets/db_password
    volumes:
      - pgdata:/var/lib/postgresql/data
    ports:
      - "5432:5432"

volumes:
  renv-cache:
  pgdata:

期待結果： 追加サービス（例: PostgreSQL）が独自のボリューム、環境変数、ポートマッピングで定義されている。Rサービスが新しいサービスを参照する

depends_on

を持っている。

失敗時： データベースサービスの起動に失敗した場合、

docker compose logs postgres

で初期化エラーを確認する。

POSTGRES_PASSWORD_FILE

のような環境変数が有効なシークレットを指しているか確認するか、開発環境では

POSTGRES_PASSWORD

に切り替える。

ステップ3: ネットワークの設定

localhostアクセスが必要なサービス（例: MCPサーバー）の場合：

services:
  r-dev:
    network_mode: "host"

分離されたネットワーキングの場合：

services:
  r-dev:
    networks:
      - app-network
    ports:
      - "3000:3000"

networks:
  app-network:
    driver: bridge

期待結果： ネットワーキングが適切に設定されている：localhostアクセスが必要なサービス（MCPサーバー）には

host

モード、分離されたサービスには明示的なポートマッピング付きのブリッジネットワーキング。

失敗時： サービス間で通信できない場合、同じネットワーク上にあることを確認する。ブリッジネットワーキングでは、ホスト名としてサービス名を使用する（

localhost

ではなく

postgres

など）。ホストモードでは

localhost

を使用し、ポートが競合しないことを確認する。

ステップ4: 環境変数の管理

.env

ファイル（git-ignored）を作成する：

R_VERSION=4.5.0
GITHUB_PAT=your_token_here

composeで参照する：

services:
  r-dev:
    build:
      args:
        R_VERSION: ${R_VERSION}
    env_file:
      - .env

期待結果： プロジェクト固有の変数を含む

.env

ファイル（git-ignored）が存在し、

docker-compose.yml

が

env_file

または変数展開（

${VAR}

）で参照している。

失敗時： 変数が解決されない場合、

.env

ファイルが

docker-compose.yml

と同じディレクトリにあることを確認する。

docker compose config

を実行して、すべての変数が展開された解決済みの設定を確認する。

ステップ5: ビルドと実行

# イメージのビルド
docker compose build

# サービスの起動
docker compose up -d

# Rセッションにアタッチ
docker compose exec r-dev R

# ログの表示
docker compose logs -f r-dev

# サービスの停止
docker compose down

期待結果： すべてのサービスが起動する。Rセッションにアクセス可能。

失敗時： 起動エラーは

docker compose logs

で確認する。よくある問題: ポートの競合、環境変数の不足。

ステップ6: 開発用オーバーライドの作成

ローカル開発設定用の

docker-compose.override.yml

を作成する：

services:
  r-dev:
    volumes:
      - /path/to/local/packages:/extra-packages
    environment:
      - DEBUG=true

これは

docker-compose.yml

と自動的にマージされる。

期待結果： 開発固有の設定（追加ボリューム、デバッグフラグ）を含む

docker-compose.override.yml

ファイルが存在し、

docker compose up

実行時に自動的に適用される。

失敗時： オーバーライドが反映されない場合、ファイル名が正確に

docker-compose.override.yml

であることを確認する。

docker compose config

を実行してマージを確認する。明示的なオーバーライドファイルの場合は

docker compose -f docker-compose.yml -f custom-override.yml up

を使用する。

バリデーション

• docker compose build

  がエラーなく完了する

• docker compose up

  がすべてのサービスを起動する
• ボリュームマウントがホストとコンテナ間でファイルを正しく共有する
• 環境変数がコンテナ内で利用可能
• サービス間で通信可能

• docker compose down

  がすべてを正常に停止する

よくある落とし穴

• ボリュームマウントの権限: Linuxコンテナがrootとしてファイルを作成する場合がある。

  user:

  ディレクティブを使用するか権限を修正する
• ポートの競合: ホスト上で同じポートを使用しているサービスがないか確認する
• Docker Desktop vs CLI:

  docker compose

  （v2）と

  docker-compose

  （v1）。v2を使用する
• WSLパスマウント: WSLからWindowsディレクトリをマウントする場合は

  /mnt/c/...

  パスを使用する
• 名前付きボリューム vs バインドマウント: 名前付きボリュームはリビルド間で永続化される；バインドマウントはホストの変更を即座に反映する

関連スキル

• create-r-dockerfile

  - composeが参照するDockerfileの作成

• containerize-mcp-server

  - MCPサーバー用のcompose設定

• optimize-docker-build-cache

  - composeビルドの高速化