GitHub Actions CI fuer R-Pakete einrichten

Automatisierten R CMD check, Testabdeckung und Dokumentationsbereitstellung ueber GitHub Actions konfigurieren.

Wann verwenden

• Einrichten von CI/CD fuer ein neues R-Paket auf GitHub
• Hinzufuegen von Multiplattform-Tests zu einem bestehenden Paket
• Konfigurieren der automatisierten pkgdown-Site-Bereitstellung
• Hinzufuegen von Codeabdeckungsberichten

Eingaben

• Erforderlich: R-Paket mit gueltigem DESCRIPTION und Tests
• Erforderlich: GitHub-Repository (oeffentlich oder privat)
• Optional: Ob pkgdown-Bereitstellung einbezogen werden soll (Standard: nein)
• Optional: Ob Abdeckungsberichte einbezogen werden sollen (Standard: nein)

Vorgehensweise

Schritt 1: R CMD Check Workflow erstellen

.github/workflows/R-CMD-check.yaml

erstellen:

on:
  push:
    branches: [main, master]
  pull_request:
    branches: [main, master]

name: R-CMD-check

permissions: read-all

jobs:
  R-CMD-check:
    runs-on: ${{ matrix.config.os }}

    name: ${{ matrix.config.os }} (${{ matrix.config.r }})

    strategy:
      fail-fast: false
      matrix:
        config:
          - {os: macos-latest, r: 'release'}
          - {os: windows-latest, r: 'release'}
          - {os: ubuntu-latest, r: 'devel', http-user-agent: 'release'}
          - {os: ubuntu-latest, r: 'release'}
          - {os: ubuntu-latest, r: 'oldrel-1'}

    env:
      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
      R_KEEP_PKG_SOURCE: yes

    steps:
      - uses: actions/checkout@v4

      - uses: r-lib/actions/setup-pandoc@v2

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
        with:
          r-version: ${{ matrix.config.r }}
          http-user-agent: ${{ matrix.config.http-user-agent }}
          use-public-rspm: true

      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
        with:
          extra-packages: any::rcmdcheck
          needs: check

      - uses: r-lib/actions/check-r-package@v2
        with:
          upload-snapshots: true
          build_args: 'c("--no-manual", "--compact-vignettes=gs+qpdf")'

Erwartet: Workflow-Datei

.github/workflows/R-CMD-check.yaml

erstellt mit einer Multiplattform-Matrix (macOS, Windows, Ubuntu) die Release, Devel und Oldrel abdeckt.

Bei Fehler: Wenn das Verzeichnis

.github/workflows/

nicht existiert, mit

mkdir -p .github/workflows

erstellen. YAML-Syntax mit einem YAML-Linter verifizieren.

Schritt 2: Testabdeckungs-Workflow erstellen (optional)

.github/workflows/test-coverage.yaml

erstellen:

on:
  push:
    branches: [main, master]
  pull_request:
    branches: [main, master]

name: test-coverage

permissions: read-all

jobs:
  test-coverage:
    runs-on: ubuntu-latest

    env:
      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}

    steps:
      - uses: actions/checkout@v4

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
        with:
          use-public-rspm: true

      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
        with:
          extra-packages: any::covr, any::xml2
          needs: coverage

      - name: Test coverage
        run: |
          cov <- covr::package_coverage(
            quiet = FALSE,
            clean = FALSE,
            install_path = file.path(normalizePath(Sys.getenv("RUNNER_TEMP"), winslash = "/"), "package")
          )
          covr::to_cobertura(cov)
        shell: Rscript {0}

      - uses: codecov/codecov-action@v4
        with:
          fail_ci_if_error: ${{ github.event_name != 'pull_request' && true || false }}
          file: ./cobertura.xml
          plugin: noop
          token: ${{ secrets.CODECOV_TOKEN }}

Erwartet: Workflow-Datei

.github/workflows/test-coverage.yaml

erstellt. Abdeckungsberichte werden bei jedem Push und PR zu Codecov hochgeladen.

Bei Fehler: Wenn der Codecov-Upload fehlschlaegt, verifizieren dass das

CODECOV_TOKEN

-Secret in den Repository-Einstellungen gesetzt ist. Fuer oeffentliche Repos kann der Token optional sein.

Schritt 3: pkgdown-Bereitstellungs-Workflow erstellen (optional)

.github/workflows/pkgdown.yaml

erstellen:

on:
  push:
    branches: [main, master]
  release:
    types: [published]
  workflow_dispatch:

name: pkgdown

permissions:
  contents: write
  pages: write

jobs:
  pkgdown:
    runs-on: ubuntu-latest

    env:
      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}

    steps:
      - uses: actions/checkout@v4

      - uses: r-lib/actions/setup-pandoc@v2

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
        with:
          use-public-rspm: true

      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
        with:
          extra-packages: any::pkgdown, local::.
          needs: website

      - name: Build site
        run: pkgdown::build_site_github_pages(new_process = FALSE, install = FALSE)
        shell: Rscript {0}

      - name: Deploy to GitHub pages
        if: github.event_name != 'pull_request'
        uses: JamesIves/github-pages-deploy-action@v4
        with:
          clean: false
          branch: gh-pages
          folder: docs

Erwartet: Workflow-Datei

.github/workflows/pkgdown.yaml

erstellt. Die Site wird bei Push nach main oder Release gebaut und auf den

gh-pages

-Branch bereitgestellt.

Bei Fehler: Wenn die Bereitstellung fehlschlaegt, sicherstellen dass das Repository

contents: write

-Berechtigungen aktiviert hat. Verifizieren dass

_pkgdown.yml

development: mode: release

gesetzt hat.

Schritt 4: Statusabzeichen zur README hinzufuegen

Zu

README.md

hinzufuegen:

[![R-CMD-check](https://github.com/USERNAME/REPO/actions/workflows/R-CMD-check.yaml/badge.svg)](https://github.com/USERNAME/REPO/actions/workflows/R-CMD-check.yaml)

Erwartet: README zeigt ein Live-CI-Statusabzeichen das nach jedem Workflow-Durchlauf automatisch aktualisiert wird.

Bei Fehler: Wenn das Abzeichen "no status" anzeigt, verifizieren dass der Workflow-Dateiname in der Abzeichen-URL mit der tatsaechlichen Datei uebereinstimmt. Einen Commit pushen um den ersten Workflow-Durchlauf auszuloesen.

Schritt 5: GitHub-Repository-Einstellungen konfigurieren

1. GitHub Pages aktivieren (Settings > Pages) mit Verweis auf den

   gh-pages

   -Branch falls pkgdown verwendet wird

2. CODECOV_TOKEN

   -Secret hinzufuegen falls Abdeckungsberichte verwendet werden
3. Sicherstellen dass

   GITHUB_TOKEN

   ausreichende Berechtigungen hat

Erwartet: GitHub Pages ist fuer pkgdown-Bereitstellung konfiguriert. Erforderliche Secrets sind gesetzt. Token-Berechtigungen reichen fuer die Workflows aus.

Bei Fehler: Wenn die Pages-Bereitstellung fehlschlaegt, unter Settings > Pages pruefen ob die Quelle auf den

gh-pages

-Branch gesetzt ist. Wenn Secrets fehlen, unter Settings > Secrets and variables > Actions hinzufuegen.

Schritt 6: Pushen und verifizieren

git add .github/
git commit -m "GitHub Actions CI Workflows hinzufuegen"
git push

Den Actions-Tab auf GitHub pruefen um zu verifizieren dass die Workflows erfolgreich laufen.

Erwartet: Gruene Haekchen bei allen Jobs im GitHub Actions-Tab. Workflows werden sowohl bei Push- als auch bei PR-Events ausgeloest.

Bei Fehler: Workflow-Logs im Actions-Tab pruefen. Haeufige Probleme: fehlende Systemabhaengigkeiten (zu

extra-packages

hinzufuegen), Vignetten-Build-Fehler (sicherstellen dass der Pandoc-Setup-Schritt vorhanden ist), YAML-Syntaxfehler.

Validierung

• R CMD check besteht auf allen Matrix-Plattformen
• Abdeckungsbericht wird generiert (falls konfiguriert)
• pkgdown-Site wird bereitgestellt (falls konfiguriert)
• Statusabzeichen wird in README angezeigt
• Workflows werden sowohl bei Push als auch bei PR ausgeloest

Haeufige Stolperfallen

• Fehlende

  permissions

  : GitHub Actions erfordert jetzt explizite Berechtigungen. Mindestens

  permissions: read-all

  hinzufuegen
• Systemabhaengigkeiten: Einige R-Pakete brauchen Systembibliotheken.

  r-lib/actions/setup-r-dependencies

  verwenden, das die meisten Faelle behandelt
• Vignetten ohne Pandoc: Immer

  r-lib/actions/setup-pandoc@v2

  einbeziehen
• pkgdown-Entwicklungsmodus: Sicherstellen dass

  _pkgdown.yml

  development: mode: release

  fuer GitHub Pages gesetzt hat
• Caching-Probleme:

  r-lib/actions/setup-r-dependencies

  handhabt Caching automatisch

Verwandte Skills

• create-r-package

  -- Anfaengliches Paket-Setup einschliesslich CI-Workflow

• build-pkgdown-site

  -- Detaillierte pkgdown-Konfiguration

• submit-to-cran

  -- CI-Checks sollten CRAN-Erwartungen widerspiegeln

• release-package-version

  -- Bereitstellung bei Release ausloesen