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claude-code

Agent-almanac setup-github-actions-ci

install
source · Clone the upstream repo
git clone https://github.com/pjt222/agent-almanac
Claude Code · Install into ~/.claude/skills/
T=$(mktemp -d) && git clone --depth=1 https://github.com/pjt222/agent-almanac "$T" && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r "$T/i18n/zh-CN/skills/setup-github-actions-ci" ~/.claude/skills/pjt222-agent-almanac-setup-github-actions-ci-d7a25c && rm -rf "$T"
manifest: i18n/zh-CN/skills/setup-github-actions-ci/SKILL.md
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为 R 包设置 GitHub Actions CI

通过 GitHub Actions 配置自动化的 R CMD check、测试覆盖率和文档部署。

适用场景

  • 为 GitHub 上的新 R 包设置 CI/CD
  • 向现有包添加多平台测试
  • 配置自动化 pkgdown 站点部署
  • 添加代码覆盖率报告

输入

  • 必需：具有有效 DESCRIPTION 和测试的 R 包
  • 必需：GitHub 仓库（公开或私有）
  • 可选：是否包含 pkgdown 部署（默认：否）
  • 可选：是否包含覆盖率报告（默认：否）

步骤

第 1 步：创建 R CMD Check 工作流

创建 

.github/workflows/R-CMD-check.yaml
：

on:
  push:
    branches: [main, master]
  pull_request:
    branches: [main, master]

name: R-CMD-check

permissions: read-all

jobs:
  R-CMD-check:
    runs-on: ${{ matrix.config.os }}

    name: ${{ matrix.config.os }} (${{ matrix.config.r }})

    strategy:
      fail-fast: false
      matrix:
        config:
          - {os: macos-latest, r: 'release'}
          - {os: windows-latest, r: 'release'}
          - {os: ubuntu-latest, r: 'devel', http-user-agent: 'release'}
          - {os: ubuntu-latest, r: 'release'}
          - {os: ubuntu-latest, r: 'oldrel-1'}

    env:
      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
      R_KEEP_PKG_SOURCE: yes

    steps:
      - uses: actions/checkout@v4

      - uses: r-lib/actions/setup-pandoc@v2

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
        with:
          r-version: ${{ matrix.config.r }}
          http-user-agent: ${{ matrix.config.http-user-agent }}
          use-public-rspm: true

      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
        with:
          extra-packages: any::rcmdcheck
          needs: check

      - uses: r-lib/actions/check-r-package@v2
        with:
          upload-snapshots: true
          build_args: 'c("--no-manual", "--compact-vignettes=gs+qpdf")'

预期结果： 工作流文件 

.github/workflows/R-CMD-check.yaml
已创建，包含覆盖 release、devel 和 oldrel 的多平台矩阵（macOS、Windows、Ubuntu）。

失败处理： 若 

.github/workflows/
目录不存在，使用 
mkdir -p .github/workflows
创建。使用 YAML 语法检查器验证 YAML 语法。

第 2 步：创建测试覆盖率工作流（可选）

创建 

.github/workflows/test-coverage.yaml
：

on:
  push:
    branches: [main, master]
  pull_request:
    branches: [main, master]

name: test-coverage

permissions: read-all

jobs:
  test-coverage:
    runs-on: ubuntu-latest

    env:
      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}

    steps:
      - uses: actions/checkout@v4

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
        with:
          use-public-rspm: true

      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
        with:
          extra-packages: any::covr, any::xml2
          needs: coverage

      - name: Test coverage
        run: |
          cov <- covr::package_coverage(
            quiet = FALSE,
            clean = FALSE,
            install_path = file.path(normalizePath(Sys.getenv("RUNNER_TEMP"), winslash = "/"), "package")
          )
          covr::to_cobertura(cov)
        shell: Rscript {0}

      - uses: codecov/codecov-action@v4
        with:
          fail_ci_if_error: ${{ github.event_name != 'pull_request' && true || false }}
          file: ./cobertura.xml
          plugin: noop
          token: ${{ secrets.CODECOV_TOKEN }}

预期结果： 工作流文件 

.github/workflows/test-coverage.yaml
已创建。覆盖率报告将在每次推送和 PR 时上传至 Codecov。

失败处理： 若 Codecov 上传失败，确认 

CODECOV_TOKEN
密钥已在仓库设置中配置。对于公开仓库，该 token 可能不是必需的。

第 3 步：创建 pkgdown 部署工作流（可选）

创建 

.github/workflows/pkgdown.yaml
：

on:
  push:
    branches: [main, master]
  release:
    types: [published]
  workflow_dispatch:

name: pkgdown

permissions:
  contents: write
  pages: write

jobs:
  pkgdown:
    runs-on: ubuntu-latest

    env:
      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}

    steps:
      - uses: actions/checkout@v4

      - uses: r-lib/actions/setup-pandoc@v2

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
        with:
          use-public-rspm: true

      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
        with:
          extra-packages: any::pkgdown, local::.
          needs: website

      - name: Build site
        run: pkgdown::build_site_github_pages(new_process = FALSE, install = FALSE)
        shell: Rscript {0}

      - name: Deploy to GitHub pages
        if: github.event_name != 'pull_request'
        uses: JamesIves/github-pages-deploy-action@v4
        with:
          clean: false
          branch: gh-pages
          folder: docs

预期结果： 工作流文件 

.github/workflows/pkgdown.yaml
已创建。站点在推送至 main 或发布版本时构建并部署至 
gh-pages
分支。

失败处理： 若部署失败，确认仓库已启用 

contents: write
权限。确认 
_pkgdown.yml
中已设置 
development: mode: release
。

第 4 步：向 README 添加状态徽章

在 

README.md
中添加：

[![R-CMD-check](https://github.com/USERNAME/REPO/actions/workflows/R-CMD-check.yaml/badge.svg)](https://github.com/USERNAME/REPO/actions/workflows/R-CMD-check.yaml)

预期结果： README 显示实时 CI 状态徽章，每次工作流运行后自动更新。

失败处理： 若徽章显示"no status"，确认徽章 URL 中的工作流文件名与实际文件匹配。推送一个提交以触发第一次工作流运行。

第 5 步：配置 GitHub 仓库设置

  1. 若使用 pkgdown，启用 GitHub Pages（Settings > Pages），指向 
    gh-pages
    分支
  2. 若使用覆盖率报告，添加 
    CODECOV_TOKEN
    密钥
  3. 确认 
    GITHUB_TOKEN
    具有适当权限

预期结果： GitHub Pages 已为 pkgdown 部署配置。所需密钥已设置。Token 权限足以支撑工作流。

失败处理： 若 Pages 部署失败，检查 Settings > Pages，确认源设置为 

gh-pages
分支。若密钥缺失，在 Settings > Secrets and variables > Actions 中添加。

第 6 步：推送并验证

git add .github/
git commit -m "Add GitHub Actions CI workflows"
git push

在 GitHub 的 Actions 标签页中验证工作流是否成功运行。

预期结果： GitHub Actions 标签页中所有作业显示绿色勾号。工作流在推送和 PR 事件时均触发。

失败处理： 在 Actions 标签页中查看工作流日志。常见问题：缺少系统依赖（添加至 

extra-packages
）、vignette 构建失败（确认存在 pandoc 设置步骤）、YAML 语法错误。

验证清单

  • R CMD check 在所有矩阵平台上通过
  • 覆盖率报告生成（若已配置）
  • pkgdown 站点部署（若已配置）
  • README 中显示状态徽章
  • 工作流在推送和 PR 时均触发

常见问题

  • 缺少 
    permissions
    ：GitHub Actions 现在要求明确指定权限，至少添加 
    permissions: read-all
  • 系统依赖：部分 R 包需要系统库，使用 
    r-lib/actions/setup-r-dependencies
    可自动处理大多数情况
  • 没有 pandoc 的 vignette：始终包含 
    r-lib/actions/setup-pandoc@v2
  • pkgdown 开发模式：确认 
    _pkgdown.yml
    中设置 
    development: mode: release
    以用于 GitHub Pages
  • 缓存问题：
    r-lib/actions/setup-r-dependencies
    自动处理缓存

相关技能

  • create-r-package
    — 包含 CI 工作流的包初始化
  • build-pkgdown-site
    — pkgdown 详细配置
  • submit-to-cran
    — CI 检查应与 CRAN 期望一致
  • release-package-version
    — 发布版本时触发部署